AtomSim

Program AtomSim, který je vyvíjen od roku 2008, umožňuje analyzovat chování krystalických a polykrystalických látek na různých rozměrových úrovních (multi-scale). Základem programu je atomová síť využívající koncept samoorganizujících se sítí. Jsou to speciální neuronové sítě, které se učí "bez učitele". Atomová síť je aplikovatelná na zápis, zobrazovaní a simulace zatěžování krystalických látek.

O programu

AtomSim - Atomové sítě je software sloužící na modelování krystalových mřížek kovů, které můžou obsahovat jednoduché poruchy krystalové mřížky. Nesleduje se při tom dynamika daného systému, ale uvažuje se s optimálními středními polohami atomů v mřížce. Výstupem programu jsou soubory obsahující střední polohy atomů, vazby mezi nimi, elastickou odezvu celého systému atomů na hranici scény a jiné parametry. Na určení velikosti zpětné elastické vazby krystalových mřížek kovů (FCC a BCC) se používá "Lennard-Jones potenciál".


Formát vstupního xml souboru

 
‹AtomicNetwork name="Project 1" ›
‹Box x="50" y="50" z="50" /›
‹BorderVelocity type="press" dir="x" stepLength="0.2" stepCount="3" /›
‹Crystal matrix="BCC" a="1.0" lje="1.0" ljd="0.866" ›
‹Seed x="5" y="5" z="5" /›
‹Alpha x="1" y="0" z="0" /›
‹Beta x="0" y="1" z="0" /›
‹Gama x="0" y="0" z="1" /›
‹Vacancy ratio="0.0005" /›
‹Substitution ratio="0.01" a="2.0" lje="1.5" ljd="1.732" /›
‹/Crystal›
‹/AtomicNetwork›



‹Box›

- definování rozměrů scény [x, y, z]



‹BorderVelocity›

- definování pohybu hranice scény
- [type="press|pull"] způsob zátěže tlak, tah
- [dir="x|y|z"] osa zátěže
- [stepLength] vzdálenost, o kterou se posune hranice scény za jeden krok scény
- [stepCount] počet kroků, pohybu hranice scény



‹Crystal›

- definování základních parametrů krystalové mřížky
- [matrix="BCC|FCC"] typ krystalové mřížky
- [a] mřížkový parametr
- [lje] Lennard-Jones potentciál parameter E
- [ljd] Lennard-Jones potentciál parameter D



‹Seed›

- poloha základního atomu mřížky (zárodku), od kterého se odvíjí polohy ostatních atomů podle prostorové orientace ‹Alpha›, ‹Beta›, ‹Gama›



‹Alpha›
‹Beta›
‹Gama›

- prostorová orientace krystalový mřížky



‹Vacancy›

- [ratio] definování poměrného zastoupení substitucí v systému



‹Substitution›

- [ratio] definování poměrného zastoupení substitucí v systému
- [a] mřížkový parametr pro substituci
- [lje] Lennard-Jones potential parameter E pro substituci
- [ljd] Lennard-Jones potential parameter D pro substituci


Formát výstupu

*.mol2 soubor – standardní typ souboru pro simulace molekulové dynamiky, který obsahuje základní informace o každém atomu scény a vazbách. Soubor je možné otevřít v různých vizualizačních programech určených pro molekulovou dynamiku, jako jsou programy VMD, VESTA nebo Xcrysden.

Instalace

Program AtomSim je určený pro Linux platformu Ubuntu 11.04 64bit s CUDA Tollkit 4.1.28.

Nejprve je nutné nainstalovat následující balíky:
build-essential – základní vývojářský balík pro linux platformu, který obsahuje c++ kompilátory, linkery a základní C++ knihovny.
qt4-dev-tools - balík obsahuje podporné knihovny QT.

Instalace balíků se provede příkazem sudo apt-get install build-essential qt4-dev-tools

Pomocí následujích příkazů dojde k instalaci a spuštění programu AtomSim
1) Stáhněte si AtomicNetwork.tar.gz
2) tar xvzf AtomicNetwork.tar.gz
3) cd AtomicNetwork
4) qmake AtomicNetwork.pro
5) cd out
6) AtomicNetwork -cubin ../cubin/gener_f.cubin -xml ../prj.xml

Parametry pro spuštění:
-listcuda - výpis zařízeních podporující CUDA
-cubin - celá cesta s názvem souboru, kde jsou umístěné zkompilované CUDA kernel
-xml - celá cesta s názvem souboru, v kterém je definovaný vstupní projekt

Příklad spuštění: "AtomicNetwork -cubin ../cubin/gener_f.cubin -xml ../prj.xml"

Aktuality

Prestižní institut ITRI na návštěvě v COMTES FHT

19.10.2017

COMTES FHT a.s. byl jedním ze špičkových výzkumných pracovišt, které zástupci ITRI v rámci svého nabitého programu navštivili. ... více

COMTES FHT se stal členem klastru Chytrý plzeňský kraj

26.9.2017

Klastr Chytrý Plzeňský kraj je dobrovolné sdružení fyzických a právnických osob usilující o rozvoj konceptu Smart regionu neboli Chytrého regionu v rámci Plzeňského kraje. ... více

Novinky e-mailem

Přihlaste se
Pravidelné novinky a informace ...