AtomSim

Program AtomSim, který je vyvíjen od roku 2008, umožňuje analyzovat chování krystalických a polykrystalických látek na různých rozměrových úrovních (multi-scale). Základem programu je atomová síť využívající koncept samoorganizujících se sítí. Jsou to speciální neuronové sítě, které se učí "bez učitele". Atomová síť je aplikovatelná na zápis, zobrazovaní a simulace zatěžování krystalických látek.

O programu

AtomSim - Atomové sítě je software sloužící na modelování krystalových mřížek kovů, které můžou obsahovat jednoduché poruchy krystalové mřížky. Nesleduje se při tom dynamika daného systému, ale uvažuje se s optimálními středními polohami atomů v mřížce. Výstupem programu jsou soubory obsahující střední polohy atomů, vazby mezi nimi, elastickou odezvu celého systému atomů na hranici scény a jiné parametry. Na určení velikosti zpětné elastické vazby krystalových mřížek kovů (FCC a BCC) se používá "Lennard-Jones potenciál".


Formát vstupního xml souboru

 
‹AtomicNetwork name="Project 1" ›
‹Box x="50" y="50" z="50" /›
‹BorderVelocity type="press" dir="x" stepLength="0.2" stepCount="3" /›
‹Crystal matrix="BCC" a="1.0" lje="1.0" ljd="0.866" ›
‹Seed x="5" y="5" z="5" /›
‹Alpha x="1" y="0" z="0" /›
‹Beta x="0" y="1" z="0" /›
‹Gama x="0" y="0" z="1" /›
‹Vacancy ratio="0.0005" /›
‹Substitution ratio="0.01" a="2.0" lje="1.5" ljd="1.732" /›
‹/Crystal›
‹/AtomicNetwork›



‹Box›

- definování rozměrů scény [x, y, z]



‹BorderVelocity›

- definování pohybu hranice scény
- [type="press|pull"] způsob zátěže tlak, tah
- [dir="x|y|z"] osa zátěže
- [stepLength] vzdálenost, o kterou se posune hranice scény za jeden krok scény
- [stepCount] počet kroků, pohybu hranice scény



‹Crystal›

- definování základních parametrů krystalové mřížky
- [matrix="BCC|FCC"] typ krystalové mřížky
- [a] mřížkový parametr
- [lje] Lennard-Jones potentciál parameter E
- [ljd] Lennard-Jones potentciál parameter D



‹Seed›

- poloha základního atomu mřížky (zárodku), od kterého se odvíjí polohy ostatních atomů podle prostorové orientace ‹Alpha›, ‹Beta›, ‹Gama›



‹Alpha›
‹Beta›
‹Gama›

- prostorová orientace krystalový mřížky



‹Vacancy›

- [ratio] definování poměrného zastoupení substitucí v systému



‹Substitution›

- [ratio] definování poměrného zastoupení substitucí v systému
- [a] mřížkový parametr pro substituci
- [lje] Lennard-Jones potential parameter E pro substituci
- [ljd] Lennard-Jones potential parameter D pro substituci


Formát výstupu

*.mol2 soubor – standardní typ souboru pro simulace molekulové dynamiky, který obsahuje základní informace o každém atomu scény a vazbách. Soubor je možné otevřít v různých vizualizačních programech určených pro molekulovou dynamiku, jako jsou programy VMD, VESTA nebo Xcrysden.

Instalace

Program AtomSim je určený pro Linux platformu Ubuntu 11.04 64bit s CUDA Tollkit 4.1.28.

Nejprve je nutné nainstalovat následující balíky:
build-essential – základní vývojářský balík pro linux platformu, který obsahuje c++ kompilátory, linkery a základní C++ knihovny.
qt4-dev-tools - balík obsahuje podporné knihovny QT.

Instalace balíků se provede příkazem sudo apt-get install build-essential qt4-dev-tools

Pomocí následujích příkazů dojde k instalaci a spuštění programu AtomSim
1) Stáhněte si AtomicNetwork.tar.gz
2) tar xvzf AtomicNetwork.tar.gz
3) cd AtomicNetwork
4) qmake AtomicNetwork.pro
5) cd out
6) AtomicNetwork -cubin ../cubin/gener_f.cubin -xml ../prj.xml

Parametry pro spuštění:
-listcuda - výpis zařízeních podporující CUDA
-cubin - celá cesta s názvem souboru, kde jsou umístěné zkompilované CUDA kernel
-xml - celá cesta s názvem souboru, v kterém je definovaný vstupní projekt

Příklad spuštění: "AtomicNetwork -cubin ../cubin/gener_f.cubin -xml ../prj.xml"

Den otevřených dveří - 17.10.2019

11.9.2019

Vážení obchodní přátelé, dovolte, abychom Vás pozvali na Den otevřených dveří, který se bude konat 17. 10. 2019. ... více

Otevření mateřské školy Dobřany

3.9.2019

Včera se poprvé otevřely dveře mateřské školy. ... více